手許現金の有り高と現金出納帳の残高が合いません。どうすればよいですか？

現金出納帳の記帳誤り、計算誤りが無いか、再度確認してください。
それでも原因が分からない場合は、差額を「現金過不足」勘定に振り替えて、手許現金の残高と現金出納帳の残高とを一致させて、原因を引き続き調査しておいてください。
決算時においても際の原因が不明な場合は、貴法人の規定の手続きに従って、「現金過不足」勘定の金額を「雑収入」又は「雑費」に振り替えてください。

仕訳の流れとしては、下記のとおりです。
＜現金過大の場合＞
・現金過不足（1,000円）発生時
（借）現金　　　　　　　1,000　（貸）現金過不足　　1,000

・決算時においても不明の場合
（借）現金過不足　　　1,000　（貸）雑収入　　　　　1,000


＜現金不足の場合＞
・現金過不足（1,000円）発生時
（借）現金過不足　　　1,000　（貸）現金　　　　　　1,000

・決算時においても不明の場合
（借）雑費　　　　　　　1,000　（貸）現金過不足　　1,000

収益事業会計の預金を公益目的事業会計の預金口座に振り替えた場合、どのような会計処理を行えばよいでしょうか？

会計単位相互間の振替は、「他会計振替額」の勘定科目を用いて処理すればよいでしょう。
例えば、収益事業である貸室事業から公益目的事業である奨学事業に預金1,000,000円を振替えた場合

＜貸室事業＞
（借）他会計振替額　　1,000,000　　　（貸）普通預金 　　1,000,000

＜奨学事業＞
（借）普通預金　　　　　1,000,000　　　（貸）他会計振替額　　1,000,000

と処理します。

「他会計振替額」勘定は、正味財産増減計算内訳書では、一般正味財産増減の部の当期経常外増減額の次に記載します。

公益法人であれば、キャッシュ・フロー計算書は必ず作成しなければならないのでしょうか？

公益法人は、毎事業年度経過後3ヵ月以内にキャッシュ・フォロー計算書を作成しなければなりませんが、会計監査人を設置しなければならない公益法人以外は、作成は任意です。
なお、会計監査人を設置する義務のない公益法人が会計監査人を設置した場合は、キャッシュ・フロー計算書の作成義務は生じませんが、ディスクロージャーの観点より、作成することが望ましいといえます。

特例民法法人から一般社団法人に移行した場合、法人税の扱いが変わりますか？

特例民法法人は、法人税法上「公益法人等」として扱われますが、一般社団法人で下記に該当しない場合、「普通法人」として取り扱われます。
・非営利性が徹底されていること
・共益的活動が目的であること
「公益法人等」の場合、これまでと同じ収益事業課税ですが、「普通法人」となった場合、全所得課税となるので、注意して下さい。

公益法人は従うべき会計基準があるのでしょうか？

法律上は、「公益法人は、一般に公正妥当と認められる公益法人の会計の基準その他の公益法人の会計の慣行を斟酌しなければならない」(認定法規則12条)、「一般法人は、一般に公正妥当と認められる会計の基準その他の会計の慣行に斟酌しなければならない」(一般法規則21条)と記載してあるのみで、特定の会計基準の適用を義務付けしているわけではありません。

しかしながら、公益法人制度改革関連三法が求めている財務諸表を作成するためには、平成20年に改正された公益法人会計基準（以下、平成20年基準）に従って処理することが適切と考えられます。

また、、平成20年基準において、基準に記載している公益法人とは、以下の法人のことをいっています。
・認定法2条3号に定めた公益法人（公益社団法人・公益財団法人のこと）
・整備法123条1項に定めのある移行法人（公益目的支出計画を実施中の移行法人のこと）
・整備法60条に定めのある特例民法法人（移行申請をする特例民法法人のこと）
・認定法7条の申請をする一般社団法人又は一般財団法人（公益認定を申請する一般社団法人・一般財団法人のこと）

これらの事から、上記の法人は、、平成20年基準に従った会計処理をすることが必要と考えます。

収支相償とはなんですか？

公益認定の基準の1つです。
公益法人の認定を受けるためには、行う公益目的事業について、その公益目的事業に係る収入がその実施に要する適正な費用を補う額を超えないと見込まれるものであることが求められています。（認定法５六）
このことを収相償といいます

特別会計などの会計区分を設けている場合、他の区分へ振り替えることは出来るのでしょうか？

特別会計は、特定の目的のために設けられているので、その区分の財産はその特定目的のために使用されなければなりません。一方、一般会計については、特定の目的を有していないため、使用に制限はありません。
従って、原則として、一般会計の財産を他の特別会計に繰り出すことはありますが、特別会計の財産を一般会計や他の特別会計に繰り出すことはありません。

しかしながら、特別会計が、一般会計や他の特別会計の資金の不足を補うための収益事業であるときは、その利益の全部又は一部を一般会計や他の特別会計に繰り出すことはあります。
また、特別会計の目的が終了して当該特別会計を閉鎖する場合、その残余財産は保有目的終了により一般会計へ繰り出すだすことがあります。

一般社団法人の場合、どのような機関が必要ですか？

一般社団法人においては、社員総会、理事を置く必要があります。更に、定款の定めにより、理事会、監事、会計監査人を置くことができますが、理事会をおく場合、幹事が必要などの規定があります。
これらの事から、一般社団法人の機関設計は次の（１）から（５）までの５通りとなります。

（１） 社員総会＋理事
（２） 社員総会＋理事＋監事
（３） 社員総会＋理事＋監事＋会計監査人
（４） 社員総会＋理事＋理事会＋監事
（５） 社員総会＋理事＋理事会＋監事＋会計監査人

現在、特例民法法人の状態ですが、平成20年基準による決算書を作成する必要がありますか？

移行申請をする前の特例民法法人の場合、平成２０年基準に準拠する必要性は必ずしもありません。但し、移行申請の書類には、前事業年度末日の附属明細書等、平成20年基準に準拠した書類を添付する必要があるため、少なくとも申請直前の事業年度までには、平成20年基準を適用するのが望ましいといえます。

認定法5条2号の「経理的基礎」とはどのような事を意味しますか？

公益法人の社会的責任より、その経理事務においては、公益目的事業の継続性、事業の財源となる財産の確保と安全性、活動実態の正確な把握と開示に注意する必要があるとされています。
このような観点から、経理的基礎とは、
①財政基盤の明確化
②経理処理、財産管理の適正性
③情報開示の適正性
を意味するとされています。