収益事業会計の預金を公益目的事業会計の預金口座に振り替えた場合、どのような会計処理を行えばよいでしょうか？

会計単位相互間の振替は、「他会計振替額」の勘定科目を用いて処理すればよいでしょう。
例えば、収益事業である貸室事業から公益目的事業である奨学事業に預金1,000,000円を振替えた場合

＜貸室事業＞
（借）他会計振替額　　1,000,000　　　（貸）普通預金 　　1,000,000

＜奨学事業＞
（借）普通預金　　　　　1,000,000　　　（貸）他会計振替額　　1,000,000

と処理します。

「他会計振替額」勘定は、正味財産増減計算内訳書では、一般正味財産増減の部の当期経常外増減額の次に記載します。