指定正味財産として計上している関係会社株式ではない有価証券について、時価が大幅に下落した場合、どのように処理する必要がありますか？

指定正味財産に区分される有価証券について、時価により評価する場合は、簿価と時価の差額は、正味財産増減計算書上、指定正味財産増減の部に記載するものであることが、H20年会計基準の注解１１に定められています。
他方、注解15においては、指定正味財産に区分された資産が災害等により消滅した場合には、その資産の帳簿価額は一般正味財産の部に振り替え、当期の振替額を正味財産増減計算書上、指定正味財産増減の部及び一般正味財産増減の部に記載しなければならないことが定められています。
その災害等により消滅するということは、有価証券の強制評価減の適用も該当すると考えられます。

従って、ご質問の様に時価が大幅に下落して、強制k評価減を適用する必要がある場合、一般正味財産増減の部の経常外費用において評価損を計上し、それに対応する金額を指定正味財産増減の部から一般正味財産増減の部の経常外収益へ振り替えることになります。
これらの処理の仕訳は、下記の様になります。

＜仕訳例＞
指定正味財産である関係会社ではない会社の株式（基本財産）について、50,000円の強制評価減を行った。

（借）基本財産評価損　　 　　　　　　50,000　　（貸）基本財産投資有価証券　　　50,000
　　　　（一般　経常外）　　　　　　　　　　　　　　　　　
（借）一般正味財産への振替　　　　50,000　　（貸）受取寄付金　　　　　　　　　　 50,000
　　　　（指定）　　　　　　　　　　　　 　　　　　　　　（一般・経常外）