一般社団法人である場合、会計基準として企業会計の基準を適用してもいいのでしょうか？

一般社団・財団法人が適用する会計基準について、特に義務付けられている会計基準はなく、一般に公正妥当と認められる会計の基準その他の会計の
慣行によることが求められます（一般社団・財団法人法施行規則第21 条）。
そのため、企業会計の基準を適用することも可能です。

貴法人が将来公益認定を受ける可能性があるか、これまでどのような会計基準を適用していたか、予算書との関係、などを考慮して、採用する会計基準を決めればよいと思います。

＜追記＞
上記内容は公益目的支出計画を実施中の一般社団法人（移行法人）ではないケースです。
移行法人は、公益法人会計基準に準拠することが必要です。